В библиотеке Института славистики им. Яна Станислава Словацкой академии наук находятся основные и дополнительные источники в области исследования славянских языков, славистики и смежных дисциплин. Ядром фонда являются книги с выставки, организованной во время прохождения одиннадцатого международного съезда славистов, который в 1993 году проходил в Братиславе.
Библиотека содержит словацкие и иноязычные монографии, словари, журналы, периодические и непериодические издания, которые тематически соответствуют исследованиям славянских языков и их взаимодействия, литературы, истории, этнологии, культурологии и искусствоведения. Также в фонд библиотеки входят ретроспективные и современные библиографии и книжные каталоги славистической направленности. Значительную часть библиотеки составляют и периодические издания – в настоящее время библиотека располагает 90 наименованиями специальных изданий, многие из которых в Словакии уникальны, поэтому библиотека Института предоставляет данные о них в сводный каталог периодических изданий Словацкой республики.
Известную часть библиотеки составляют книги из личного архива Евгена Паулиня. Это примерно 1500 томов монографий, сборников, журналов, энциклопедий, словарей и учебников языковедческой, славистической и смежных направленностей. Также библиотека располагает рукописями и записными книжками ученого. Документы из личного архива Е.Паулиня зарегистрированы в отдельных каталогах: именном и алфавитном.
В 2008 году известный словацкий историк Милан С. Дюрица, который работал в университете Падуи и был одним из основателей и генеральным секретарем Центра словацких католических интеллектуалов, членом президиума, позднее и председателем Словацкого института в Риме и редактором альманаха Slovak Studies, подарил Институту славистики им. Яна Станислава САН коллекцию около 300 томов знаменитого слависта профессора Артуро Крониа. Артуро Крониа работал в университете Падуи, где руководил Институтом славянской филологии, а кроме того читал лекции в университете Масарика в Брно и был действительным членом Società Dalmata di Storia и членом-корреспондентом Istituto per l’ Europa Orientale.
Также в библиотеке находится личная библиотека Герберта Галтона (примерно 250 томов). Эту коллекцию Институту славистики удалось получить с помощью Веры Гашпариковой в 2008 году. Герберт Галтон был известным славистом и индоевропеистом польского происхождения, работал в университете Канзаса (США), последние годы жизни провел в Вене.
Все книги Института славистики им. Яна Станислава зарегистрированы в именном, алфавитном и систематическом каталогах, библиографические сведения представлены также в электронном виде.
В читальном зале Института славистики предоставляется возможность ознакомиться со всеми публикациями и журналами, представленными в фонде библиотеки.
По требованию предоставляются копии статей из журналов и сборников.
Часть книжного фонда находится в сводном электронном каталоге библиотек Институтов САН.